Covid: ce que l'on sait de la dangerosité des variants britannique, sud-africain et brésilien

avis de l'OMS sur les variants du coronavirus détectés au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil est tombé ce vendredi : son Comité d'urgence a appelé à une expansion mondiale du séquençage génomique et du partage des données, ainsi qu'à une plus grande collaboration scientifique pour faire face "aux graves inconnues" qui subsistent au sujet de ces trois variants. Le nombre de pays et territoires où se trouve dorénavant le variant repéré initialement en Grande-Bretagne s'élève à 50 et il est de 20 pour le variant identifié en Afrique du Sud, mais l'organisation juge cette évaluation probablement sous-estimée.

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Ces variants ne peuvent être identifiés que par le séquençage de leur code génétique, une analyse qui n'est pas possible partout. La troisième mutation, originaire de l'Amazonie brésilienne et dont le Japon a annoncé le 10 janvier la découverte, est actuellement analysée et pourrait impacter la réponse immunitaire selon l'OMS, qui évoque dans son bulletin hebdomadaire "un variant inquiétant".

Les trois ont en commun une mutation appelée N501Y. Située sur la protéine spike du coronavirus - une pointe qui lui permet de pénétrer dans les cellules -, cette mutation est suspectée de rendre ces variants plus contagieux. L'Express fait le point sur les données connues à ce jour.

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Royaume-Uni


Détecté en novembre au Royaume-Uni, le variant B.1.1.7, désormais appelé VOC 202012/01, trouve "probablement" son origine dans le sud-est de l'Angleterre en septembre, selon l'Imperial College de Londres. Plusieurs études scientifiques, pas encore évaluées par les pairs et se basant principalement sur des modélisations, concluent que le variant britannique est largement plus transmissible, sans être pour autant plus létal.





Cela confirme les évaluations initiales du groupe de chercheurs NERVTAG (conseillant le gouvernement britannique), qui estimait que la transmission est accrue de 50 à 70%. Ainsi, selon les calculs de la London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), le variant britannique serait 50 à 74% plus contagieux.



Pour leur dernier rapport publié le 31 décembre, les chercheurs de l'Imperial College de Londres ont analysé des milliers de génomes de virus du Sars-CoV-2 séquencés entre octobre et décembre. Selon deux méthodes différentes, ils en concluent que ce variant a un "avantage important" en termes de contagiosité : 50 à 75% plus contagieux, ou un taux de reproduction du virus (R) entre 0,4 et 0,7 supérieur au virus habituel. Par ailleurs, les premières études sur le variant britannique font état d'une plus grande contamination des jeunes de moins de 20 ans.

Afrique du Sud



Un autre variant, appelé 501.V2, est désormais majoritaire en Afrique du Sud. Il a été détecté dans des échantillons remontant au mois d'octobre, puis a été repéré dans quelques autres pays du monde, notamment le Royaume-Uni et la France.

Les résultats préliminaires concernant le variant sud-africain font également état d'une plus forte transmissibilité, mais moins de données sont disponibles. Un autre problème se pose en ce qui le concerne : si BioNTech et Pfizer ont rapidement assuré que leur vaccin était efficace contre la mutation N501Y commune aux variants britannique et sud-africain, ce dernier présente une autre mutation spécifique, que les fabricants du principal vaccin administré dans le monde n'ont pas testée.

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Appelée E484K, cette mutation pourrait théoriquement aider ce variant "à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination", a expliqué le 4 janvier le Pr François Balloux, de l'University College de Londres, cité par l'organisme britannique Science Media Centre. Cette mutation "est la plus inquiétante de toutes" sur le plan de la réponse immunitaire, estime Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l'Université de Cambridge. Des tests en laboratoire ont montré qu'elle semblait capable de diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps, et donc sa neutralisation.



Pour autant, rien n'indique à ce stade que cette mutation suffise à rendre le variant sud-africain résistant aux vaccins actuels, a tempéré le Pr Balloux. "Même si vous baissez en efficacité, vous allez normalement toujours avoir une neutralisation du virus", indique Vincent Enouf, du Centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur à Paris. "Je ne pense pas que cette mutation soit à elle seule problématique pour les vaccins", renchérit l'immunologiste Rino Rappuoli, chercheur et responsable scientifique du géant pharmaceutique GlaxoSmithKline. En outre, plusieurs laboratoires ont assuré qu'ils étaient capables de fournir rapidement de nouvelles versions du vaccin si besoin était.

Brésil

Une troisième mutation, originaire de l'Amazonie brésilienne et dont le Japon a annoncé le 10 janvier la découverte, est actuellement analysée et pourrait impacter la réponse immunitaire, selon l'OMS qui évoque "un variant inquiétant". Il a été découvert sur deux adultes et deux enfants arrivés au Japon le 2 janvier en provenance du Brésil, avaient expliqué les autorités sanitaires japonaises.

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Ce nouveau variant pourrait être aussi contagieux que ceux du Royaume-Uni ou d'Afrique du Sud, a expliqué Felipe Naveca, un chercheur de l'institut Fiocruz qui étudie les mutations observées dans le nord du Brésil. Ce variant du SARS-CoV-2 résulte d'une évolution "d'une lignée virale du Brésil, qui circule en Amazonie", provisoirement baptisée "B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y)", a affirmé le chercheur brésilien Felipe Naveca. "Les résultats suggèrent que la mutation détectée dans le variant B.1.1.28 est un phénomène récent, survenu probablement entre décembre 2020 et janvier 2021", a précisé l'institut dans un communiqué.

Un responsable au sein du ministère nippon de la Santé a expliqué que "pour analyser davantage le variant nous devons d'abord l'isoler". "Cela pourrait prendre entre plusieurs semaines et plusieurs mois (...) donc il est difficile à l'heure actuelle de dire quand nous pourrons donner des détails" sur ce variant, a-t-il ajouté.