Coronavirus : Que sait-on du variant brésilien du Covid-19 qui sème le chaos à Manaus ?

•Parmi les nouveaux variants du coronavirus qui ont émergé, la souche qui circule actuellement dans le centre du Brésil pourrait affecter la réponse immunitaire.
•Ce variant brésilien pourrait ainsi être responsable d’un nombre important de cas de réinfections au Covid-19.
•Et il soulève la question de son effet sur la vaccination, qui démarre progressivement sur la planète.

P.1. Une lettre et un chiffre pour nommer ce variant brésilien qui sème le chaos à Manaus. Cette ville brésilienne de 2,2 millions d’habitants, située au cœur de la forêt amazonienne, subit actuellement une nouvelle vague meurtrière de l’épidémie de coronavirus.

Explosions des contaminations, hôpitaux saturés et même totalement dépassés, multiplication des décès… Depuis décembre 2020, Manaus sombre non plus sous une vague mais sous un « tsunami » épidémique, et enterre chaque jour plus d’un millier de ses habitants. Comment expliquer cette nouvelle flambée ? Et est-il possible d’enrayer la propagation de ce variant ?

Un variant responsable de la flambée épidémique de Manaus

L’Etat brésilien d’Amazonas, dont Manaus est la capitale, avait déjà subi une première vague très sévère en avril 2020. C’est là-bas qu’avaient été tournées les images de cimetières géants creusés à la hâte pour enterrer les milliers de morts qu’y avait causé le virus. La propagation du virus a été telle que la majorité des habitants ont contracté le Covid-19. Une étude publiée récemment dans la revue Science a ainsi démontré qu’à l’automne, plus des trois quarts (76 %) des habitants avaient développé des anticorps contre le SARS-CoV-2.

Un chiffre qui aurait dû logiquement permettre à la ville d’être protégée par une immunité collective. Pourtant, dès la mi-décembre, Manaus est donc de nouveau confrontée à une flambée, contraignant les habitants à se procurer eux-mêmes des bouteilles d’oxygène pour soigner leurs proches malades. « C’était difficile de concilier ces deux éléments », a indiqué Nuno Faria, virologue à l’Imperial College de Londres, professeur à l’Université d’Oxford et coauteur de l’étude publiée dans Science. Le virologue cherche alors à savoir si une mutation du virus pourrait en être la cause, grâce au séquençage de plusieurs échantillons. Le P.1, ou variant brésilien, est ainsi identifié dans treize prélèvements RT-PRC sur trente et un échantillon collecté entre le 15 et le 23 décembre, alors qu’il ne figurait pas dans des échantillons séquencés recueillis entre mars et novembre 2020.

Et à l’instar des variants anglais et sud-africain, ce variant brésilien mis au jour en décembre pourrait être beaucoup plus contagieux et expliquer cette reprise épidémique à Manaus, où, ces derniers jours, le taux de mortalité lié au virus est passé de 142 à 187 pour 100.000 habitants, près de deux fois la moyenne nationale. « C’est l’explication la plus plausible à une croissance aussi explosive », a ainsi expliqué Jesem Orellana, chercheur à l’institut Fiocruz Amazonia, au journal Estadao de Sao Paulo. Mais « il est trop facile de rejeter la faute sur les variants et de dire que c’est le virus qui est responsable », a tempéré lors d’un point presse le 14 janvier Mike Ryan, épidémiologiste à l’ Organisation mondiale de la santé (OMS), pointant le relâchement de la population locale dans le respect des gestes barrières.

Une mutation qui affecte la réponse immunitaire

Mais si ce rebond épidémique à Manaus est bien imputable à P.1, par quels mécanismes ce variant a-t-il agi ? Nuno Faria et d’autres chercheurs de l’Imperial College de Londres et des universités d’Oxford et de São Paulo en ont dévoilé les caractéristiques dans un article publié le 12 janvier sur le site virological.org. Ce P.1, qui descend d’une souche qui a déjà largement circulé au Brésil, a la particularité de renfermer un large éventail de mutations. Et l’une d’elles, la mutation E484K, aurait de fâcheux effets sur l’immunité. Cette mutation est « la plus inquiétante de toutes » sur le plan de la réponse immunitaire, estime Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l’Université de Cambridge.

Des tests en laboratoire ont montré que E484K semble capable de diminuer la reconnaissance du virus par les anticorps, et donc sa neutralisation. « A ce titre, elle peut aider le virus à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure », explique le Pr François Balloux, de l’University College de Londres. Et c’est précisément ce que rapporte une étude publiée le 6 janvier, qui décrit le cas d’une Brésilienne contaminée par le Covid-19 en mai 2020, puis réinfectée en octobre par un variant porteur de cette mutation E484K. Une réinfection plus sévère que la première, qui serait le signe que la mutation a causé une réponse immunitaire moins bonne chez la patiente. L’immunité collective atteinte par la première vague à Manaus pourrait donc ne plus être assez efficace pour empêcher les contaminations par ce nouveau variant.

L’efficacité du vaccin affectée par le variant ?

A ce jour, le Brésil est l’une des Nations les plus touchées par la pandémie, avec près de 210.000 morts. Pris dans une course contre la montre, le pays a lancé lundi sa campagne de vaccination. Le gouvernement de Jair Bolsonaro mise sur le vaccin chinois CoronaVac, l’un des deux autorisés le 17 janvier par le régulateur brésilien, avec le Britannique d’AstraZeneca.

Mais si l’immunité conférée par une primo-infection par le Covid-19 ne protège pas d’une réinfection par le variant brésilien, en sera-t-il de même pour l’immunité induite par le vaccin ? Une perspective « d’évasion immunitaire » qui préoccupe les scientifiques. Le 8 janvier, le duo Pfizer-BioNTech a assuré que son vaccin était efficace contre la mutation N501Y, présente dans le variant anglais. Mais leurs vérifications en laboratoire n’ont pas porté sur la mutation E484K. Elles ne suffisent donc pas à conclure que l’efficacité du vaccin sera la même contre le variant brésilien.

Pour autant, rien n’indique que la mutation E484K suffise à rendre des variants résistants aux vaccins actuels, tempèrent les scientifiques. « Même si vous baissez en efficacité, vous allez normalement toujours avoir une neutralisation du virus », indique Vincent Enouf, du Centre national de référence des virus respiratoires de l’Institut Pasteur, à Paris. « Je ne pense pas que cette mutation soit à elle seule problématique pour les vaccins », a renchéri l’immunologiste Rino Rappuoli, chercheur et responsable scientifique du géant pharmaceutique GSK.

En attendant, en Europe, le Royaume-Uni et l’Italie ont décidé de fermer leurs frontières aux personnes arrivant du Brésil.